Η Διοίκηση του Τεχνικού Επιμελητηρίου Ελλάδας εκλέγεται με καθολική ψηφοφορία των τακτικών μελών του για μια περίοδο τριών ετών. Αποτελείται από τα εξής όργανα:
α. Αντιπροσωπεία που αποτελείται σήμερα από 200 αντιπροσώπους. Είναι το συλλογικό αντιπροσωπευτικό όργανο των μελών του Τεχνικού Επιμελητηρίου της Ελλάδας.
β. Την15μελη Διοικούσα Επιτροπή που αποτελείται από τον πρόεδρο, δυο αντιπροέδρους, έναν γενικό γραμματέα, έναν αναπληρωτή γενικό γραμματέα, και δέκα μέλη.
γ. Δεκαεπτά Αντιπροσωπείες αντίστοιχες με τα Περιφερειακά Τμήματα και με αριθμό μελών ανάλογο με τον αριθμό μελών των Περιφερειακών Τμημάτων.
δ. Δεκαεπτά Διοικούσες επιτροπές των Περιφερειακών Τμημάτων. Αυτές είναι εκλεγμένα όργανα, που το καθένα αποτελείται από εννέα έως έντεκα μέλη, ανάλογα με τον αριθμό των μελών του περιφερειακού τμήματος.
Συμβουλευτικά Όργανα
Η Διοίκηση του Τεχνικού Επιμελητηρίου Ελλάδας υποβοηθείται στην επίτευξη των σκοπών της από τα ακόλουθα συμβουλευτικά όργανα:
1. Επιστημονικές Επιτροπές Ειδικοτήτων.
Είναι όργανα με συμβουλευτικό προς την Διοικούσα Επιτροπή χαρακτήρα. Αποτελούνται από πέντε μέλη και εκλέγονται ταυτόχρονα με τη Διοικούσα Επιτροπή. Κάθε ένα αντιπροσωπεύει μία από τις εννέα βασικές ειδικότητες των μηχανικών. Συγκεκριμένα:
Υπάρχουν επίσης Ειδικές Επιτροπές, που συγκροτεί η Διοικούσα Επιτροπή ή οι Διοικούσες Επιτροπές των περιφερειακών τμημάτων, για εξειδικευμένα θέματα.
3. Ομάδες Εργασίας
Ένας μεγάλος αριθμός Ομάδων Εργασίας μελετούν ειδικά θέματα επιβλεπόμενες από τις αντίστοιχες Μόνιμες ή Επιστημονικές Επιτροπές. Περίπου 700 μηχανικοί και άλλοι επαγγελματίες όπως νομικοί, οικονομολόγοι, κοινωνιολόγοι, συμμετέχουν σε αυτές τις Ομάδες Εργασίας.
Πειθαρχικό Συμβούλιο
Στο Τεχνικό Επιμελητήριο Ελλάδας λειτουργούν τα Πρωτοβάθμια και το Ανώτατο Πειθαρχικό Συμβούλιο που είναι τα αρμόδια όργανα για την άσκηση του πειθαρχικού ελέγχου στα μέλη του. Επίσης το Τεχνικό Επιμελητήριο Ελλάδας διαθέτει ένα σύνολο διοικητικών υπηρεσιών, ο κύριος όγκος των οποίων είναι συγκεντρωμένος στην Αθήνα και είναι οργανωμένες, έτσι ώστε να καλύπτει τόσο την υποστήριξη του επιστημονικού του έργου, όσο και τις τρέχουσες ανάγκες του, ως φορέα του Δημόσιου τομέα. Στις κεντρικές υπηρεσίες του TEE απασχολούνται συνολικά 110 υπάλληλοι και στα δεκαέξι Περιφερειακά Τμήματα του TEE απασχολούνται συνολικά 60 υπάλληλοι.